20대 여성 키코(스기사키 하나)는 동네에서 주목받는 인사다. 외딴 바닷가 마을에 무슨 이유로 이사를 왔는지 궁금해하는 주민들의 시선을 받지만 아랑곳없이 새 삶에 집중한다. 그러나 심신이 약해진 나머지 길바닥에 쓰러져버리고 곧 떠도는 어린 소년(구와나 도리)의 도움을 받는다. 소년의 팔에 난 상처에 먼저 눈이 간 키코는 소년이 자신과 같은 아픔을 가졌음을 직감하고 보호자가 되겠다는 마음을 먹는다. 동명의 베스트셀러 소설을 원작으로 한 <52헤르츠의 고래들>은 가장 가까운 사람들에게 인생의 주도권을 빼앗겨온 여성이 의지할 친구들을 만나 구속의 울타리에서 빠져나오는 과정을 현재와 과거를 오가며 보여준다. 다른 고래들은 듣지 못하는 음역대를 가져 외로운 52헤르츠 고래들처럼 세상의 외로운 이들을 감싸안으려는 카메라의 의지적인 시선이 영화의 온도를 따뜻하게 유지한다.