태평양 한가운데. 원자폭탄의 원료가 되는 플루토늄을 수송하던 '카이류마루호'가 기이한 산호에 좌초되는 일이 발생한다. 하슈해상보험사의 쿠사나기 나오야와 해상보안청의 일등항해사 요네모리 요시나리는 곧 수사에 착수한다. 산호는 길이 60미터에 넓이가 45미터 초대형으로 조사팀은 산호 내부에서 이상한 모양의 금속 조각과 고대글자가 새겨진 비문을 발견한다. 순간 산호가 움직이기 시작하고 이 거대한 생물체는 바다 속으로 자취를 감춘다.

그러는 동안 고토 군도의 외딴 섬에서 희귀새를 연구하던 한 교수가 실종되는 사건이 일어난다. 교수를 찾기 위해 경찰과 섬에 도착한 조류학자 나가미네 마유미는 처참하게 변해버린 섬을 보고 넋을 잃는다. 마을을 습격한 것으로 추정되는 약 15미터에 달하는 거대한 새의 자취를 발견하게 된 마유미. 그러나 정부는 희귀 동물보호차원에서 이 새를 생포할 계획을 세운다.

정부로부터 새를 생포할 방법을 찾으라는 지시에 마유미는 이 새들이 빛에 약하다는 사실을 알아내고 돔 구장인 후쿠오카 야구장에 먹이를 놓아 새들을 유인한다. 마침내 생포 작전이 성공을 눈 앞에 둘 무렵 갑자기 바다에서 나타난 거북 모양의 거대한 생명체가 불을 뿜으며 새들을 공격한 후 도망치는 새들을 쫓아 바다 너머로 사라진다.